2020年11月14日，习近平总书记在全面推动长江经济带发展座谈会上发表重要讲话时指出，要保护传承弘扬长江文化，“要把长江文化保护好、传承好、弘扬好，延续历史文脉，坚定文化自信”。为贯彻落实习近平总书记的重要指示精神，扬州大学整合校内外相关科研力量，于2022年3月16日成立了长江文化研究院。

研究院的宗旨是推进长江文化高质量保护、传承与弘扬，更好地服务于党和政府促进长江经济带战略、长江国家文化公园建设重大工程。其性质是一所跨学科、实体化、开放型的智库研究机构。研究院坚持高层次、开放式、前瞻性的发展方向，充分发挥学校的地缘优势、学科特色与历史积淀，全方位整合校内优质资源，广泛协同各种社会资源，有效聚集学校其他研究机构的力量，以促进新时代长江文化繁荣发展为目标，围绕新时代长江文化保护、传承与利用的全局性、综合性、战略性重大问题，开展理论和应用研究、政策咨询、文化传播、学术交流等活动，努力建设成为“政府依靠、社会认可”的高端智库。

本智库作为高校实体研究机构，以理顺体制机制、完善组织形式、整合优质资源为重点，不断推进机制体制改革与创新，充分发挥理事会、院务委员会、学术委员会、首席专家、学术团队在重大事项决策、科研规划及成果审议、智库研究院规范运行等方面的作用，建设智库理事会、院务委员会、学术委员会、首席专家和研究团队“五位一体”的院长负责制组织架构。